Крупные виды крокодилов во взрослом состоянии не имеют естественных врагов, за исключением более крупных крокодилов (в том числе особей своего вида) и человека. Но молодые особи, отдалившиеся от воды, иногда могут стать жертвой крупных наземных хищников, таких как большие кошки. В отдельных случаях и взрослые крокодилы бывают убиты другими хищниками (ровно как и наоборот), ведь конфликты находящихся на вершине пищевой цепи суперхищников порой все таки могут иметь место быть.
В Центральной Америке было зафиксировано удачное нападение ягуара на 2.5 метрового молодого острорылого крокодила, а во Флориде самец пумы убил взрослого миссисипского аллигатора длиной примерно 2.7 метров. Возможно, эти кошки могут быть опасны для молодых или небольших взрослых центральноамериканских крокодилов, но на данный момент ничего подобного зафиксировано не было.
На молодых болотных крокодилов иногда могут нападать бенгальские тигры, в одном случае тигрица Мачли, защищая своих тигрят, убила взрослого примерно 3.5 метрового самца болотного крокодила в жестокой борьбе, длившейся несколько часов. Взрослые нильские крокодилы, длиной по меньшей мере до 3.5 метров, иногда бывали убиты львами при попытках отнять у них добычу или (реже) в хищнических целях, а меньшие по размерам особи - гиенами и леопардами.
Иногда крокодилы гибнут, нападая на таких крупных травоядных животных, как слоны или бегемоты. Известно, что слоны недолюбливают крокодилов и порой могут намеренно атаковать их, повстречав на суше или на берегу.